Data Science · Klinik Klinische Datenanalyse & Machine Learning
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R-Pakete des Kurses

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Das Gegenstück zu requirements.txt für die R-Spur.

Reine R-Nutzung braucht kein Python. Die Kurs-Datensätze liegen fertig unter https://schradern.github.io/data-science-coach/data/. Die Codeblöcke der Lektionen lesen sie direkt über diese Web-Adresse, und lib/helpers.R lädt sie bei Bedarf automatisch nach — du musst nichts erzeugen. Python wird nur gebraucht, wenn du das komplette Repository klonst und die Daten lokal neu erzeugen willst (python data/generate_data.py); zum Mitrechnen ist das nicht nötig.

Warum diese Datei existiert: lib/helpers.R nannte früher vier Pakete (tidyverse, gtsummary, broom, survival), während die Module tatsächlich 25 brauchen. Wer der alten Angabe folgte, bekam in sieben Modulen keine Ausgabe — und trotzdem einen Erfolgs-Exitcode. Beides ist behoben: require_pkgs() in lib/helpers.R bricht jetzt mit Exitcode 1 ab, und die vollständige Liste steht hier.

Installation

Kopiere den install.packages(...)-Block unten in deine R-Konsole — das funktioniert immer, auch ohne das Repository. Wer den Kurs geklont hat, kann stattdessen in einem Schritt dieselbe Liste installieren:

R
source("tools/install_r_packages.R")

Oder von Hand — Kernpfad (Module 01–10, 12–25, 32, 34):

R
install.packages(c(
  "tidyverse", "gtsummary", "broom", "survival",
  "DBI", "duckdb", "readxl", "writexl", "jsonlite", "httr2",
  "tidymodels", "pROC", "lme4", "sandwich", "lmtest", "mice"
))

Vertiefungen (Module 26–31, 33 — der Kernpfad läuft ohne sie):

R
install.packages(c(
  "xgboost", "vip", "pdp", "DALEX", "DALEXtra",
  "randomForestSRC", "cmprsk", "umap", "factoextra", "cluster",
  "tidytext", "nnet", "recipes", "timeROC"
))

Pro Modul

Modul Pakete
01 Einführung dplyr
02 Werkzeuge tidyverse
03 Grundlagen dplyr
04 Datenimport dplyr, readr, readxl, writexl, jsonlite, httr2
05 SQL DBI, duckdb, dplyr
06 Transformation tidyverse
07 FHIR / OMOP jsonlite
08 EDA tidyverse, ggplot2
09 Deskriptive Statistik tidyverse, gtsummary
10 Inferenzstatistik tidyverse
11 Bayes-Inferenz Basis-R (stats)
12 Regression tidyverse, survival
13 Studiendesign & Power tidyverse
14 Fehlende Werte tidyverse, mice
15 Kausale Inferenz tidyverse, sandwich, lmtest
16 Diagnostik & Schwellen tidyverse, pROC
17 Survival (klassisch) survival
18 Longitudinal / Mixed Models lme4
19 Propensity Score survival, sandwich, lmtest
20 Konkurrierende Risiken survival, cmprsk
21 Methodenwahl tidyverse
22 Reproduzierbare Berichte tidyverse
23 Machine Learning tidyverse, tidymodels
24 Prädiktions-Workflow tidyverse, tidymodels
25 Modellgüte & Validierung tidyverse, tidymodels, pROC
26 Ensembles & Boosting tidyverse, tidymodels, xgboost
27 Erklärbarkeit tidyverse, tidymodels, vip, pdp, DALEX, DALEXtra
28 Survival-ML tidyverse, survival, randomForestSRC, timeROC
29 Unüberwacht / Phänotypisierung tidyverse, recipes, cluster, factoextra, umap
30 Deep Learning tidyverse, tidymodels, nnet, xgboost
31 Klinische Texte / LLM tidyverse, tidymodels, tidytext
32 Einsatz & Governance tidyverse
33 RAG / LLM-Pipelines — (reines Base R)
34 Design von KI-Studien — (reines Base R)

Versionen

Der Kurs pinnt R-Pakete bewusst nicht auf exakte Versionen (anders als requirements.txt für Python). Wer exakte Reproduzierbarkeit braucht, legt ein renv-Projekt an:

R
install.packages("renv")
renv::init()
renv::snapshot()   # erzeugt renv.lock

Der Kurscode ist gegen R ≥ 4.2 getestet (nutzt die native Pipe |>).