Data Science · Klinik Klinische Datenanalyse & Machine Learning
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Teil 2 · Datenimport, Datenbereinigung und Datenmanagement

Übungen

07 · Patientendaten-Extraktion via FHIR und OMOP

Übung 1: FHIR-Abfrage für Vitalparameter (Python oder R)

Du willst alle Blutdruckmessungen (LOINC-Code: 85354-9 für Blutdruck-Paneel) von einem öffentlichen Testserver laden.

  1. Schreibe ein kurzes Python- oder R-Skript, das die Observation-Ressourcen abfragt.
  2. Extrahiere die Patient:innen-ID (subject.reference) und das Datum (effectiveDateTime).

Übung 2: OMOP-SQL-Abfrage für Geburtskohorten und Outcome

Schreibe eine SQL-Abfrage für eine OMOP-Datenbank:

  1. Wähle alle Patient:innen aus der Tabelle person, die vor dem Jahr 1960 geboren wurden.
  2. Verknüpfe diese mit der Tabelle death (mittels LEFT JOIN), um das Sterbedatum (death_date) zu ermitteln.
  3. Gib die Spalten person_id, year_of_birth und death_date aus.