Teil 2 · Datenimport, Datenbereinigung und Datenmanagement
Übungen
07 · Patientendaten-Extraktion via FHIR und OMOP
Übung 1: FHIR-Abfrage für Vitalparameter (Python oder R)
Du willst alle Blutdruckmessungen (LOINC-Code: 85354-9 für Blutdruck-Paneel) von einem öffentlichen Testserver laden.
- Schreibe ein kurzes Python- oder R-Skript, das die Observation-Ressourcen abfragt.
- Extrahiere die Patient:innen-ID (
subject.reference) und das Datum (effectiveDateTime).
Übung 2: OMOP-SQL-Abfrage für Geburtskohorten und Outcome
Schreibe eine SQL-Abfrage für eine OMOP-Datenbank:
- Wähle alle Patient:innen aus der Tabelle
person, die vor dem Jahr 1960 geboren wurden. - Verknüpfe diese mit der Tabelle
death(mittelsLEFT JOIN), um das Sterbedatum (death_date) zu ermitteln. - Gib die Spalten
person_id,year_of_birthunddeath_dateaus.